Для начала процедуры у Вас уже должен быть аккаунт в Яндексе. Если его нет, то зарегистрируйтесь в сервисе.

После регистрации в Яндексе необходимо зайти на страницу https://pdd.yandex.ru/

Введите Ваш домен и нажмите кнопку "Подключить домен": 

На следующем шаге необходимо выбрать способ подтверждения владения доменом. Рекомендуем воспользоваться самым простым из способов т.е. создать в корневой директории Вашего сайта (чаще в /public_html/ ) файл с именем XXXXXX.html (Ваше имя файла смотрите на странице Яндекса). Внутри этого файла необходимо разместить код (текст) XXXXXX (Ваш текст смотрите на странице Яндекса). 

После выполнения шага необходимо проверить доступность файла. Он должен открываться по прямому URL адресу, например: http://www.testdomain.ru/12345abc.html и в нем должен отображаться код (текст).

Далее зайдите в CPanel -> раздел "Записи MX". Удалите текущую MX запись и добавьте:

Приоритет: 10

Назначение: mx.yandex.ru

Нажмите кнопку Add new record.  Как указано на скриншоте 

Вернитесь на страницу подключения домена Яндекс и ожидайте 5-10 минут, затем обновите страницу. Если все шаги выполнены верно, то Яндекс оповестит Вас об успешном подключении домена. Вам станут доступны необходимые функции по созданию и управлению почтовых ящиков (в интерфейсе Яндекса).

Дополнительные настройки (работа с почтой через почтовые клиенты Outlook, TheBat!, Thunderbird и др.) почты см. в разделе помощи Яндекс Почты.